Jaboatão teve o seu povoado fundado a partir de 4 de maio de 1593, por Bento Luís Figueiroa, terceiro proprietário do Engenho São João Batista. Foi palco de duas grandes batalhas contra os holandeses em Pernambuco, travadas nos anos de 1648 e 1649.
Tem como seus principais vultos o general Francisco Barreto de Menezes, André Vidal de Negreiros, João Fernandes Vieira, Filipe Camarão, Henrique Dias, Antônio Dias e Antônio Silva. Em 1873, o povoado passou à categoria de vila e, em 1884, ao ser desmembrado do território de Olinda, foi elevado à categoria de Cidade. O primeiro nome da cidade foi Jaboatão, que vem do indígena "Yapoatan", numa lembrança à árvore comum na região, usada para fabricar mastros e embarcações.
A partir de 1989, a tentativa de emancipação do então distrito de Muribeca dos Guararapes fez com que a prefeitura mudasse a sede da cidade de Jaboatão para lá, o que fez com que o município tivesse seu nome alterado para o atual pela Lei N.º 004 de 5 de maio de 1989. O nome Guararapes é homenagem ao local das batalhas históricas - os Montes Guararapes. É lá que está localizada uma das mais belas igrejas de Pernambuco, a de Igreja de Nossa Senhora dos Prazeres, construída em 1565, e é a única igreja de Pernambuco, cuja fachada é revestida em azulejo - primeira igreja da América a ser dedicada ao culto de Nossa Senhora - onde todos os anos é realizada uma das festas mais famosas, a Festa da Pitomba (fruta regional).
O município ficou conhecido como "moscouzinho", por ter sido o primeiro município brasileiro a eleger um prefeito comunista, em 1947.
